O objetivo deste trabalho é analisar o financiamento público à inovação no Nordeste quanto à sua distribuição setorial na busca de inferir se há sinergias entre os setores priorizados pelas políticas industrial e de inovação e os setores efetivamente contemplados. Para isto serão analisadas duas fontes de informações: a Pesquisa de Inovação de 2009-2011 e 2012-2014; e dados da FINEP, BNDES e MCTI, para o período de 2005-2014. As análises realizadas indicam que os incentivos fiscais favoreceram os setores mais tradicionais, ao passo que o crédito e a subvenção econômica foram importantes para o fomento à inovação em setores novos para a localidade e ligados a áreas estratégicas da política.